Общата администрация:

1. изготвя проектите на длъжностното разписание в агенцията, организира и отговаря за воденето и съхраняването на служебните и трудовите досиета;
2. организира документооборота и архива на агенцията;
3. осигурява финансово-счетоводното обслужване на агенцията в съответствие с изискванията на Закона за счетоводството и другите нормативни актове и оформя всички документи по сметките на агенцията;
4. подпомага с юридически консултации дейността на агенцията, осигурява процесуално представителство пред съдилищата след писмено упълномощаване от председателя на агенцията, дава становища по законосъобразността на проекти на договори, заповеди и други актове и документи, свързани с дейността на агенцията
5. организира завеждането, съхраняването и отчитането на материалните активи на агенцията, ремонта и поддръжката на материалната база и транспортното обслужване на агенцията;
6. осигурява информационното обслужване и поддържа информационна база от данни, свързана с дейностите по акредитация и оценяване на проекти и за следакредитационно наблюдение и контрол.

Към организационните звена:

• Председател
• Заместник председател по следакредитационно наблюдение и контрол
• Акредитационен съвет
• Главен секретар на НАОА
• Постоянна комисия за следакредитационно наблюдение и контрол
• Постоянни комисии
• Специализирана администрация
• Обща администрация