НАОА е независим специализиран държавен орган със своя собствена история и постижения, осигуряващ отчетността и прозрачността на учебната и изследователската дейност на автономните институции на висшето образование.
НАОА се стреми оптимално да си сътрудничи със заинтересованите лица и да осъвременява дейността си, търсейки най-добрите методи и подходи за повишаване на качеството на висшето образование. За нас членството в ENQA и сътрудничеството с организации от европейското образователно пространство е приоритет. Усилията на агенцията за прилагане на националните и европейските стандарти във висшето образование се подкрепят от Съвета на ректорите, от националното представителство на студентските съвети, професионалните асоциации и научни институти.